Edhe në Ministrinë e Mbrojtjes koordinohet puna institucionale për aspektet e integrimit në BE në bashkëpunim të ngushtë me Ministrinë e Integrimit Evropian, Ministrinë e Punëve të Jashtme dhe institucionet e tjera qendrore dhe strukturat e përbashkëta. Drejtoria përkatëse në MM që është e përfshirë direkt në proces ka për detyrë:
Koordinimin e procesit të hartimit dhe përditësimit të Strategjisë Sektoriale të Mbrojtjes, në kuadrin e Strategjisë Kombëtare për Zhvillim dhe Integrim (SKZHI). Koordinimin e procesit të planifikimeve financiare dhe politikave prioritare të MM, në bashkëpunim me Drejtorinë e Financës dhe në përputhje me acquis communitaire të BE. Ndjekjen e zbatimit të Planit Kombëtar të Zbatimit të Marrëveshjes së Stabilizim Asocimit (PKZMSA). Përgatitjen e progres-raporteve për Komisionit Europian, nëpërmjet Ministrisë të Integrimit. Ndjekjen e procesit, në kuadër të pjesëmarrjes në misionet ushtarake të Sigurisë së Përbashkët Europiane të Mbrojtjes (Comon Security of Defense Policy - CSDP), në bashkëpunim me Ministrinë e Jashtme dhe SHPFA. Koordinimin me strukturat e Ministrisë së Mbrojtjes për përparësinë e mbështetjes për financim nga asistenca komunitare, bazuar në prioritetet që burojnë nga Strategjia Sektoriale e Mbrojtjes.
