Drejtoria e Inspektimit të Përgjithshëm

Drejtoria e Përgjithshme e Politikave të Mbrojtjes

Drejtoria e Politikave NATO dhe BE;
Drejtoria e Projekteve të Automatizimit dhe Inovacionit;
Drejtoria e Monitorimit dhe Jetësimit të Prioriteteve;
Drejtoria e Modernizimit.

Drejtoria e Përgjithshme Rregullatore dhe Përputhshmërisë në fushën e Mbrojtjes

Drejtoria e Integrimit, Koordinimit dhe Marrëveshjeve;
Drejtoria e Programimit, Standardizimit dhe Harmonizimit të Akteve Rregullatorë.

Drejtoria e Përgjithshme Ekonomike dhe Shërbimeve Mbështetëse

Drejtoria e Miradministrimit të Burimeve Njerëzore dhe Shërbimeve;
Drejtoria e Miradministrimit të Pronave dhe Aseteve;
Drejtoria e Prokurimeve dhe Ankandeve;
Drejtoria e Buxhetit dhe Menaxhimit Financiar.

Struktura në vartësi të Ministrisë së Mbrojtjes

Lista e agjencive, drejtorive, njësive, etj. në varësi të Ministrisë së Mbrojtjes: 

Agjencia e Inteligjencës dhe Sigurisë së Mbrojtjes (AISM)

Agjencia Kombëtare e Mbrojtjes Civile ( AKMC)

Arkivi Qendror i Forcave të Armatosura (AQFA)

Autoriteti i Kontrollit Shtetëror të Eksporteve (AKSHE)

Drejtoria e Përgjithshme e Rezervave Materiale të Shtetit (DPRMSH)

Drejtoria e Shifrës (DSH)

Instituti i Gjeografisë dhe Infrastrukturës Ushtarake (IGJIU)

Military Export Import Company (MEICO)

Njësia Mjekësore Ushtarake Përfaqësitë Ushtarake Jashtë Vendit (PUJV)

Qendra Kombëtare e Kërkim-Shpëtimit (QKKSH)

Qendra e Kulturës, Medias, Botimeve të Mbrojtjes, Muzeut të Forcave të Armatosura (QKMBMMFA)

Qendra Ndërinstitucionale Operacionale Detare (QNOD)

Roja Bregdetare (RB)